São Francisco do Sul está classificado como município infestado com focos de Aedes Aegypti. A transmissão do vírus no município é considerada autóctone, quando há transmissão sustentada entre indivíduos dentro da mesma comunidade. O município já contabilizou, em 2022, 146 casos da doença, além de uma morte causada pela dengue; veja a tabela completa:
373 Casos notificados
146 Casos positivos
122 Casos negativos
105 Aguardando laudo
156 Investigados que não atendem critério clínico para Dengue
145 Casos recuperados
377 Focos identificados
1 Óbito confirmado